按照上海市林业局、青浦区政府与世界自然基金会（WWF）的合作协议，上海西郊淀山湖湿地生态修复示范区的本底调查正在进行。该调查能定量掌握示范区修复前的基本情况，为今后湿地的生态修复效果提供数据参照。本底调查项目由世界自然基金会出资支持，中国水产科学研究院刘兴国研究员负责，南京大学、南京农业大学和上海海洋大学的相关专业人员共同实施。调查采样从7月28日开始至8月5日结束，9月完成调查报告。
本底调查的内容有：示范区域的地形、地貌及高程分布情况（南大负责）；水系、水文、水动力情况（南大）；污染负荷及内部和周边的污染源情况（南农大负责）；生物资源状况（上海海大负责）。其中污染情况调查包括水体：三氮、总磷、COD等指标的测定和土壤（养殖池塘底部、陆面土壤）：总氮、总磷、TOC等指标测定。生物资源调查包括水域浮游植物、浮游动物、水生维管束植物、底栖生物和鱼类（甲壳类等）的种类，生物量和分布特征。